புங்க மரத்தடியின் கீழே சிவபெருமான் தரிசனம் கொடுப்பதால திருப்புன்கூர் என்று இத்தலம் வழங்கப்படுகிறது. திருநாளைப் போவார் நாயனார் (நந்தனார்) தம்மை நேராக தரிசனம் செய்து வணங்கும் பொருட்டு இத்தலத்து இறைவன் சிவலோகநாதர் தமக்கு முன்னால் அமர்ந்திருந்த நந்தியை சிறிது விலகி இருக்குமாறு செய்தருளிய தலம் திருப்புன்கூர். நந்தனார் கீழ் குலத்தில் பிறந்தவராதலால் ஆலயத்திற்குள் செல்வதற்கு அனுமதி இல்லாததால் வெளியில் இருந்தே வழிபடுவார். அப்போது இறைவன் முன் இருக்கும் நந்தி நன்றாக அவர் இறைவனைப் பார்க்க முடியாமல் மறைக்கும். அதற்காக கவலைப்பட்டு ஆதங்கப்பட்ட அவருக்கு தரிசனம் கொடுக்க நந்தியை விலகச் சொல்லி நந்தனாரின் பக்தியை உலகிற்கு எடுத்துக் காட்டிய தலம். எல்லா சிவன் கோவில்களிலும் உள்ள நந்தியின் நாக்கு வெளியில் தெரியும்படி இருக்கும். ஆனால் நந்தனாருக்காக விலகிய இங்குள்ள நந்தியின் நாக்கு வெளியில் தெரிவதில்லை. இங்குள்ள நந்திகேஸ்வரர் மிகவும் அழகிய வேலைப்பாடுடன் ஒரே கல்லில் சிற்பமாக வடிக்கப்பட்ட சிறப்புடையதாகும். மேலும் இத்தலத்தில் ஆலயத்தின் மேற்புறம் உள்ள ரிஷப தீர்த்தம் நந்தனாருக்காக விநாயகர் ஒரே இரவில் வெட்டிய குளம் என்ற பெருமையுடையதாகும்.
கோவில் அமைப்பு: மூவர் பாடல் பெற்ற தலங்கள் வரிசையில் ஒன்றான இவ்வாலயம் ஒரு 5 நிலை இராஜகோபுரத்துடனும், 2 பிராகாரங்களுடனும் காட்சி அளிக்கிறது. கோபுர வாயில் வழியே உள்ளே நுழைந்தால் விசாலமான திறந்த முற்றவெளி உள்ளது. வெளிப்பிராகாரத்தில் குளம் வெட்டிய விநாயகர் சந்நிதியும், சுப்பிரமணியர் சந்நிதியும் தலமரமும் பிரம்மலிங்கமும் உள்ளன. கவசமிட்ட கொடிமரத்தையும், பெரிய நந்தியையும் (சற்று விலகியுள்ளது) கடந்து சென்றால் உள் வாயிலை அடையலாம். உள்வாயிலின் மேற்புறத்தில் வண்ணச்சுதையில் பஞ்சமூர்த்திகள் காட்சி தருகின்றனர். துவார விநாயகரை வணங்கி உள்வாயிலைக் கடந்தால் உள்பிராகாரத்தில் இடப்பால் சூரியன், நால்வருடன் கலிக்காமரும் சேர்ந்த சந்நிதி. சுந்தரவிநாயகர் சந்நிதி முதலியவை உள்ளன. அடுத்துள்ள சோமாஸ்கந்தர் - பெரிய திருமேனி இத்தலத்திற்குரிய தனிச்சிறப்பு - தரிசிக்கத்தக்கது. அடுத்து சூரியன் அக்கினி வழிபட்ட லிங்கங்கள். ஆறுமுகர்சந்நிதி, தத்புருஷ், அகோர, வாமதேவ, சத்யோஜாத முகங்களின் பெயரில் அமைந்துள்ள லிங்கபாணங்கள், கஜலட்சுமி முதலிய சந்நிதிகள் உள்ளன. இடதுபுறம் அம்பாள் சந்நிதி தனியாக வலம் வரும் அமைப்புடன் உள்ளது. நவக்கிரகம், பைரவர், சந்திரன் சந்நிதிகளைத் தொழுது வலம் முடித்துச் சென்றால் நேரே சுவாமி சந்நிதி. மூலவர் சற்று குட்டையான பாணத்துடன் காட்சி தருகிறார். இங்குள்ள சிவலிங்கம் மண் புற்றினால் ஆன சுயம்பு மூர்த்தியாகும். சுயம்பு லிங்கத்தின் மீது குவளை சார்த்தியே காணப்படுகிறார். புணுகு சட்டம் சார்த்தும் நாளில் மட்டும் கவசமின்றி மூலவரை தரிசிக்கலாம். இறைவன் கருவறை கோஷ்டங்களில் நர்த்தனவிநாயகர், பிட்சாடனர், அகத்தியர், தட்சிணாமூர்த்தி, இலிங்கோத்பவர், பிரம்மா, துர்க்கை, அர்த்தநாரீஸ்வரர், பைரவர் ஆகியோர் உள்ளனர். பிரம்மா, இந்திரன், பதஞ்சலி முனிவர், வியாக்ரபாதர் மற்றும் ஏயர்கோன் கலிக்காம நாயனார், விறல் மீண்டர் ஆகியோர் இத்தலத்து இறைவனை வழிபட்டுப் பேறு பெற்றிருக்கின்றனர். இறைவன் சந்நிதிக்கு இடதுபுறம் அம்பாள சொக்கநாயகியின் சந்நிதி தனிக்கோவிலாக ஒரு சுற்றுப் பிராகாரத்துடன் அமைந்துள்ளது
சுந்தரர் பதிகம்: ஒருமுறை சுந்தரரும் அவரது நண்பருமான ஏயர்கோன் கலிக்காம நாயனாரும் இத்தலத்திற்கு வருகை புரிந்தனர். அச்சமயம் திருப்புன்கூரும் அதைச் சுற்றியுள்ள பகுதிகளும் பல காலமாக மழையின்றி இருந்ததால் மக்கள் மிகவும் கஷ்டப்பட்டனர். இப்பகுதியை அரசாண்டு வந்த மன்னரிடம் 12 வேலி நிலம் ஆலயத்திற்குக் கொடுத்தால் மழை பெய்யும் என்று சுந்தரர் கூற அரசனும் சம்மதித்தான். அதன்படி சுந்தரர் பதிகம் பாடி மழை பெய்யச் செய்தருளி 12 வேலி நிலமும், பிறகு விடாது பெய்த மழையை நிறுத்த 12 வேலி நிலமும் மன்னனிடம் பெற்று இந்த திருப்புன்கூர் கோவிலுக்குச் சேர்த்தார்.
இந்த வரலாற்றை சுந்தரர் "அந்தணாளன் உன அடைக்கலம் புகுந்த" என்று தொடங்கும் தனது பதிகத்தின் 2-வது பாடலில் குறிப்பிட்டுப் பாடியுள்ளார்.
வையகம் முற்றும் மாமழை மறந்து வயலில் நீர்இலை மாநிலம் தருவோம் உய்யக் கொள்கமற் றெங்களை என்ன ஒளிகொள் வெண்முகி லாய்ப்பரந் தெங்கும் பெய்யும் மாமழைப் பெருவெள்ளம் தவிர்த்துப் பெயர்த்தும் பன்னிரு வேலிகொண் டருளும் செய்கை கண்டுநின் திருவடி அடைந்தேன் செழும்பொ ழிற்றிருப் புன்கூருளானே.
சிவபெருமான் திரிபுரத்தை எரித்தபோது அழியாது பிழைத்த அசுரர் மூவரில் இருவரை தனது திருக் கோயிலின் வாயில் காவலராகும்படி பணித்தபின்பு, மற்றொருவனை தான் தடனம் ஆடும்பொது அழகிய மத்தளத்தை முழக்கும்படி அருள்செய்தார். சுந்தரர் தனது பதிகத்தின் 8-வது பாடலில் இதைக் குறிப்பிடுகிறார். "திரிபுர அசுரர்களுக்கு அருள் செய்ததை அறிந்து அடியேன் உன் திருவடியை அடைந்தேன், என்னை ஏற்றுக் கொண்டருள்" என்று தனது பாடலில் இறைவனை வேண்டுகிறார்.
மூவெயில் செற்ற ஞான்றுய்ந்த மூவரில் இருவர் நின்திருக் கோயிலின் வாய்தல் காவ லாளர்என் றேவிய பின்னை ஒருவன் நீகரி காடரங் காக மானை நோக்கியோர் மாநடம் மகிழ மணிமு ழாமுழக் கவருள் செய்த தேவ தேவநின் திருவடி யடைந்தேன் செழும்பொ ழில்திருப் புன்கூரு ளானே
இத்தலத்திலுள்ள நடராச சபையில் உள்ள நடராச வடிவம் கலையழகு வாய்ந்தது. இத்தல நடராஜப் பெருமான் சுந்தரர் பதிகத்தில் கூறியபடி பாதத்தில் ஓர் உருவம் அமர்ந்து தன் நான்கு கரங்களாலும் பஞ்சமுக வாத்யத்தை அடித்து மணி முழக்குவதைக் காணலாம்.
ஆலயம் நுழைவு கோபுரம்
ஆலயத்தின் உள்ளிருந்து நுழைவு கோபுரம் மற்றொரு தோற்றம்
மூலவர் சந்நிதி நுழைவு வாயில்
நந்தி
விலகிய நந்தி
வள்ளி தெய்வானையுடன் முருகர்
தல விருட்சம் புங்க மரம்