கோவில் தோன்றிய வரலாறு: முன்பொரு காலத்தில் அரண்மனைக்குப் பால் ஊற்றிக் கொண்டிருந்தாராம் பட்டர் ஒருவர். அப்படி ஒருநாள் அவர் சென்றுக் கொண்டிருக்கும் பொழுது வழியிலிருந்த கல் ஒன்று அவரின் காலை இடறி விட, பானையில் இருந்த பால் முழுதும் அந்தக் கல்லின் மேல் கொட்டி விட்டது. இந்த நிகழ்வு தொடர்ந்து நான்கைந்து நாட்கள் நடைபெற, பயந்து போன பட்டர் உடனே மன்னனிடம் சென்று முறையிட்டார். மன்னரும் வீரர்களை அழைத்துக் கொண்டு அவ்விடத்திற்குச் சென்றார். அவர்கள் அந்தக் கல்லை அங்கேயிருந்து அகற்ற முயல கோடரி கொண்டு வெட்டினர். அப்போது அந்தக் கல்லிலிருந்து இரத்தம் பீறிட்டுக் கொண்டு வர ஆரம்பித்தது. அனைவரும் செய்வறியாது அரண்டு போய் நிற்க வானில் ஓர் அசீரிரி கேட்டதாம். அதன்படி அந்தக் கல்லைத் தோண்ட தலையின் இடப்பக்கம் வெட்டுக் காயத்துடன் சிவலிங்கம் வெளிப்பட்டதாம். இன்றும் மூல லிங்கத் திருமேனியின் தலையில் வெட்டுக் காயத்தைக் காணலாம். சுயம்புவாகத் தோன்றிய சிவலிங்கத்தை மூலவராகக் கொண்டு கோயில் உருவானது.
தல வரலாறு: முன்னொரு காலத்தில் வேதபட்டர் என்கிற பட்டர் சிவபெருமானிடம் அதிக பக்தி கொண்டவராக திகழ்ந்தார். தன் மேல் அளவுகடந்த பக்தி வைத்திருக்கும் வேதபட்டரின் பக்தியை சோதிக்க சிவபெருமான் எண்ணினார். அதன் காரணமாக சிவபெருமான் வேதபட்டரை வறுமைக்குள்ளாக்கினார். வேதபட்டரும் தினமும் வீடுவீடாக சென்று நெல் சேகரித்து இறைவனின் நைவேத்தியத்திற்காக பெற்ற நெல்லை சந்நிதி முன் உலரப் போட்டு குளிக்கச் செல்வது அவரது வழக்கம். அவ்வாறு செய்து வந்த நாளில் ஒரு நாள் திடீரென்று மழை பெய்ய ஆரம்பித்தது. குளித்துக் கொண்டிருந்த வேதபட்டர் மழை தண்ணீரில் நெல் நனைந்து விடப்போகிறது என்று எண்ணி வேகமாக ஓடி வந்து பார்க்கையில் நெல்லைச் சுற்றி மழை நீர் நெல்லை கொண்டு செல்லாத படி இருப்பதையும் நடுவே நெல் வெயிலில் காய்வதையும் கண்டு வியப்புற்றார். மழை பெய்தும் நெல் நனையாததைக் கண்டு ஆச்சரியப்பட்ட வேதபட்டர் இந்த அதிசயத்தை அரசரிடம் தெரிவிக்க ஓடினார். மன்னன் ராம பாண்டியனும் இந்த அதிசயத்தை காண விரைந்தார். நெல் நனையாமல் இருப்பதைக் கண்ட மன்னனும் வியப்புற்றார். உலகிற்காக மழை பெய்வித்து வேதபட்டரின் நெல் நனையாது காத்த இறைவனின் சிறப்பை உணர்ந்து மெய்சிலிர்த்தார். நெல்லுக்கு இறைவன் வேலியிட்டு காத்ததால் இறைவனின் திருநாமத்தை அன்று முதல் நெல்வேலிநாதர் என்றும், அதுவரை வேணுவனம் என்றிருந்த அப்பகுதியை நெல்வேலி என்றும் அழைக்கலானார்கள்.
தமிழ் நாட்டில் இறைவன் சிவபெருமான் நடராசத் திருமேனி கொண்டு அருட்கூத்து இயற்றுகின்ற முக்கியமான ஐந்து சிவசபைகளில் இரண்டு சபைகள் திருநெல்வேலி மாவட்டத்தில் உள்ளன. ஸ்ரீ காந்திமதி நெல்லையப்பர் ஆலயம் தாமிர சபையாகவும் ஸ்ரீ குற்றால நாதர் ஆலயம் சித்திர சபையாகவும் உள்ளன. ஸ்ரீ காந்திமதி நெல்லையப்பர் ஆலயம் சுமார் 14 ஏக்கர் நிலப்பரவளவில் தென் வடலாக 756 அடி நீளமும், மேற்கு கிழக்காக 378 அடி அகலமும் கொண்டு மிகப்பெரிய சிவாலயமாக உள்ளது. அம்பாளுக்கும் சுவாமிக்கும் தனித்தனியே கோவில்கள் எழுப்பப் பட்டு, இடையே அழகிய கல் மண்டபம் கொண்டு இணைக்கப் பட்டுள்ளது. இக்கோயிலில் நெல்லையப்பர் என்கிற பெயரில் மூலவரும், காந்திமதி என்கிற பெயரில் அம்பாளும் வீற்றிருக்கின்றனர். புராணகாலத்தில் இவ்வூர் வேணுவனம் என்றே அழைக்கப்பட்டதாக வரலாறு சொல்கிறது. அம்பாள் சன்னதியில் உள்ள ஆயிரம் கால் மண்டபமும் அதில் நடைபெறும் சுவாமி அம்பாள் திருகல்யாணமும் கண்கொள்ளாக் காட்சியாகும்.
கோவில் அமைப்பு: கோயிலில் நுழைந்தவுடன் 10 அடி உயரத்திற்கு மேலாக ஒரு அழகான வெள்ளை நிற நந்தியைக் காணலாம். அடுத்துள்ள கொடிமரத்தைச் சுற்றிவிட்டு உள்ளே சென்றால் மூலவரைக் காணலாம். மூலவரைக் காண்பதற்கு முன் சுமார் 9 அடி உயரம் உள்ள மிகப்பெரிய விநாயகரைத் தரிசிக்கலாம்.
மூலவரைச் சுற்றி 3 பிரகாரங்கள் உண்டு. முதல் பிரகாரத்தில் எல்லாக் கோயில்களையும் போல கோஷ்ட மூர்த்திகளாக தக்ஷிணாமூர்த்தி, பிரம்மா, துர்க்கை ஆகியோரையும், மற்றும் சண்டிகேஸ்வரர், மகிஷாசுரமர்த்தினி, பைரவர் ஆகியோரை நாம் காணலாம். கோவிந்தப் பெருமாள் சந்நிதியும் சிவனுக்கு அருகிலேயே அமைந்துள்ளது.
இரண்டாவது பிரகாரம் சற்றுப் பெரியது. ஆரம்பத்திலேயே "ஏழிசை ஸ்வரங்கள் இசைக்கும் தூண்கள்" உள்ளன. இவற்றைத் தட்டிப் பார்த்தால் ஸ்வரங்களின் ஒலி கேட்கும். இந்தப் பிரகாரத்தில் தான் தாமிர சபை உள்ளது. 63 நாயன்மார்களின் சிலைகள், அஷ்டலக்ஷ்மி, சனீஸ்வரர், சகஸ்ரலிங்கம் ஆகிய சிலைகளும் இருக்கின்றன.
மூன்றாவது பிரகாரம் மிகப் பெரியதாகவும் அகலமாகவும் அமைந்துள்ளது. இப்பிரகாரத்திலிருந்து அம்மா மண்டபம் வழியாக அம்மன் சந்நிதி செல்ல வழி உள்ளது. மீண்டும் அம்மா மண்டபம் வழியாகத் திரும்பி வந்தால், மூன்றாவது பிரகாரத்தை அடையலாம். இல்லையெனில் அம்மன் சந்நிதியில் இருந்து அப்படியே வெளியேறவும வழி உண்டு.
மூன்றாவது பிரகாரத்தில் முருகப்பெருமானுக்கு தனியாக பெரிய சந்நிதி உள்ளது. ஒரே கல்லில் ஆறுமுகமும் பன்னிரு கரங்களும் கொண்டு மயில் மீது அமர்ந்த கோலத்தில் இருபுறமும் வள்ளி தெய்வானையுடன் ஆறுமுக நாயினார் என்னும் திருநாமத்துடன் தெற்கு நோக்கி எழுந்தருளியுள்ளார். திருநெல்வேலி நெல்லையப்பர் ஆலயம் திருப்புகழ் வைப்புத் தலங்களில் ஒன்றாகும்.
கோயிலின் உள்ளே பொற்றாமரைக் குளம் உள்ளது. நாற்புறமும் நல்ல படிகளுடனும், நடுவில் நீராழி மண்டபத்துடனும் இந்த தெப்பக்குளம் உள்ளது. இக்கோயிலில் ஊஞ்சல் மண்டபம், திருக்கல்யாண மண்டபம், ஆயிரங்கால் மண்டபம், வசந்த மண்டபம், சங்கிலி மண்டபம், சோமவார மண்டபம், நவக்கிரக மண்டபம், மகா மண்டபம் போன்ற மண்டபங்கள் சிற்ப வேலைப்பாடுகளுடன் விளங்குகின்றன.
இக்கோயிலில் உள்ள சுரதேவர் சந்நிதி மிகவும் சிறப்புடையது. மூன்று தலைகள், மூன்று கால்கள், மூன்று கைகளுடன் இம்மூர்த்தி, கையில் தண்டம், மணி, சூலத்துடன் காட்சி தருகின்றார். எவருக்கேனும் சுரம் இருப்பின், இம்மூர்த்திக்கு மிளகு அரைத்துச் சார்த்தி வெந்நீரால் அபிஷேகம் செய்தால் தீரும் என்பது மக்களின் நம்பிக்கை. நடராஜர் நடனம் ஆடிய பஞ்ச சபைகளுள் இத்தலம் தாமிரசபையாகும். இச்சபை தனியே உள்ளது. இங்குள்ள நடராசர் ‘தாமிர சபாபதி’ என்றழைக்கப்படுகிறார். சபைக்கு மேலே தாமிரத் தகடு வேயப்பட்டுள்ளது. இச்சபையின் உள்ளே ருத்திர விஷ்ணு, வேதங்கள், ரிஷிகளின் உருவங்கள் உள்ளன. கீழே மரத்தாலும் மேலே தாமிரத்தாலும் ஆக்கப்பட்டு ஏழு அடுக்குகளைக் கொண்டு திகழும் இச்சபை சித்திர வேலைப்பாடுகளுடன் அருமையாகத் திகழ்கின்றது.பின்னால் உள்ள நடராஜர் சிலாரூபத்தில் சந்தன சபாபதி என்றழைக்கப்படுகிறார்.
மற்ற கோவில்களைப் போல மார்கழி மாதம் விடியற்காலையில் இவ்வாலயம் திறப்பதில்லை. மாற்றாக கார்த்திகை மாதத்தில் காலை 4 மணிக்கெல்லாம் கோயில் தரிசனத்திற்காகத் திறக்கப்படும். கார்த்திகை மாதத்தில் வரும் சோம வாரங்களில் இறைவனுக்கு சிறப்பு ஆராதனைகள் நடைபெறும்.