அர்த்தநாரீஸ்வரர், மாதொரு பாகர் என்று அழைக்கப்படும் மூலவர் சுமார் 6 அடி உயரம் உள்ள உளி படாத சுயம்புத் திருமேனியாக பாதி ஆணாகவும் பாதி பெண்ணாகவும் மேற்கு நோக்கி காட்சி அளிக்கிறார். தலையில் ஜடாமகுடம் தரித்து, பூர்ண சந்திரன் சூடி, கழுத்தில் ருத்ராட்சம், தாலி அணிந்து, கையில் தண்டாயுதம் வைத்திருக்கிறார். அம்பிகையின் அம்சமாக உள்ள இடது பாக காலில் கொலுசு உள்ளது. சிவன், சக்தி சேர்ந்த வடிவம் என்பதால் வலதுபுறம் வேட்டியும், இடப்புறம் சேலையும் அணிவிப்பர். மூலவரின் காலடியில் இருக்கும் தேவதீர்த்தம் எக்காலத்திலும் வற்றாமல் சுரந்து கொண்டே இருக்கும். மூலவரை தரிசிக்க வருபவர்களுக்கு இந்த தீர்த்தம் வழங்கப்படுகிறது. வைகாசி விசாகத்தன்று இவருக்கு திருக்கல்யாண வைபவம் நடக்கும். அப்போது அர்த்தநாரீஸ்வரருக்கு அர்ச்சகர்கள் தாலி அணிவிப்பர். அம்பிகை தனியே இல்லாததால் இவ்வாறு செய்கிறார்கள்.

இந்தக் கோவிலில் வடக்குப் பிரகாரத்திலுள்ள கிழக்கு நோக்கி உள்ள செங்கோட்டு வேலவர் சந்நிதி மிகவும் புகழ் பெற்றது. தினமும் உச்சிக்காலத்தில் மட்டும் இவருக்கு அபிஷேகத்துடன் முதல் பூஜை நடக்கிறது. அருணகிரிநாதர் தனது "திருப்புகழில்" இத்தலத்து முருகனைப் பற்றி பாடியுள்ளார். செங்கோட்டு வேலவர் சந்நிதிக்கு முன்புள்ள மண்டபத்திலுள்ள தூண்களில் காணப்படும் சிற்பங்கள் மிகுந்த கலை நுணுக்கத்துடன் சிற்ப வேலைப்பட்டிற்கு ஒரு சான்றாகக் காட்சி அளிக்கின்றன.

சிவனின் இடப்பாகம் பெற அம்பாள் பூஜித்த லிங்கம், மூலஸ்தானத்திற்குள் உள்ளது. காலை, மதியம், மாலையில் நடக்கும் பூஜையின்போது மட்டும் இந்த லிங்கத்தை அர்த்தநாரீஸ்வரர் அருகில் வைத்து பூஜிப்பர். இந்த பூஜைகளை அம்பிகையே செய்வதாக ஐதீகம். உச்சிக்காலத்தில் இந்த லிங்கத்திற்கு அபிஷேகம் நடக்கும்.